數學荒島歷險記3是《荒島歷險記》數學系列的第三部作品，是一部凝合了數學科普教育與少年勵志為創作主題的動畫連續劇。故事承接了第一部和第二部的劇情。講述了博士只做了3分鐘“世界之王”，就立馬被打回原形了。原來愿望之碼一旦被激活，便可掌控自己的意愿，它告訴大家，要想獲得真正的愿望，必須要比賽答題。答對1道數學題，可以實現1個3分鐘的愿望，答對8道數學題，可以實現1個永久愿望。
　　由此，博士和羅克雙方才開始真正的較量。國王、花花、依依、小強等荒島伙伴能適應地球的新生活嗎？羅克和UBIQ又會如何迎接新挑戰，解除荒島危機呢？而博士也拉攏了一個新幫手，博士經典的愚蠢陰謀功力會不會大增呢？擺脫各方控制的愿望之碼，又將會有怎樣令人稱奇的表現？新危機，新挑戰，新故事，一場全新的數學較量馬上就要展開了。