宇宙世紀0068年,居住在SIDE3的慕佐自治共和國議長發表完《完全獨立宣言》后意外身亡,由此引發了連番的動亂,許多人的命運也就此發生根本轉變。轉眼來到宇宙世紀0074年,愛德華·瑪斯(池田秀一 配音)以夏亞·阿茲納布的身份進入吉恩自治共和國國防軍官學校學習。在那里,他與來自SIDE3的名門子弟格爾瑪(柿原徹也 飾)互相賞識,成為模擬好友。
宇宙世紀0077年,學生們揭竿而起,發起了針對地球聯邦軍的武裝起義。對夏亞來說,他的復仇也由此拉開序幕……