宇宙世紀0068年，居住在SIDE3的慕佐自治共和國議長發表完《完全獨立宣言》后意外身亡，由此引發了連番的動亂，許多人的命運也就此發生根本轉變。轉眼來到宇宙世紀0074年，愛德華·瑪斯（池田秀一 配音）以夏亞·阿茲納布的身份進入吉恩自治共和國國防軍官學校學習。在那里，他與來自SIDE3的名門子弟格爾瑪（柿原徹也 飾）互相賞識，成為模擬好友。
宇宙世紀0077年，學生們揭竿而起，發起了針對地球聯邦軍的武裝起義。對夏亞來說，他的復仇也由此拉開序幕……