公元2220年，曾經為了保護地球和人類的大和號已在水瓶之海中沉睡了17年之久。而經歷了較長一段和平時期的地球，卻正面臨最大的危機。一個代號為“小瀑布”的黑洞以極快的速度向太陽系靠近，人類賴以生存的藍色星球行將湮滅。為了尋得一線生機，人類開始實行浩大的移民計劃，借助運輸船的幫助，人們分批向塞拉姆星系的阿馬爾移民。然而在這一過程中，運輸船被星際國家聯盟的外星生命視作侵略者，繼而遭到毀滅性的打擊，古代進的妻子阿雪也在最近一次護航行動中失蹤。離地球毀滅不足一個月，古代進臨危受命成為第三次移民團的護航艦隊總司令，全新的大和號也在這次移民中復活登場……                                    
　　本片根據松本零士的同名原著改編。