16年前，射手座黃金圣斗士艾歐洛斯懷抱真正的女神轉世雅典娜逃出圣域，途中遭到雙子座撒卡和摩羯座修拉的阻擊身負重傷。命運的趨勢下，垂危一線的艾歐洛斯將女神托付給剛好來喜馬拉雅山脈探險的日本城戶財團總裁城戶光政（大杉漣 配音）。知曉前因后果的光政將女神帶回日本，并為之起名沙織，以孫女的名義將其撫養長大。接受命運和女神的感召，經過艱苦訓練的星矢（石川界人 配音）、紫龍（赤羽根健治 配音）、冰河（小野賢章 配音）、瞬（岡本信彥 配音）等少年相繼回到日本，如今他們已成長為足以獨當一面的圣斗士。
　　與此同時，奉教皇之命的刺客接二連三從圣域來到日本，一場足以載入史冊的正邪之戰就此拉開序幕……