小智（松本梨香 配音）一行人繼續著磨練技藝的旅途，他們來到了歐魯德朗城，這里正在舉行為了紀念百年前阻止了戰爭的勇者亞朗而設置的對戰祭典。小智帶著皮卡丘（大谷育江 配音）勇敢參戰，并且最終憑借著強大的實力奪得了頭籌，獲得了珍貴的寶物“勇者之杖”。
　　然而，讓小智沒有想到的是 ，傳說中的神奇寶貝路卡利歐竟然從杖中現身，它的重現江湖揭開了一個隱藏了百年的秘密。與此同時，神秘莫測的神奇寶貝夢幻現身會場，擄走了皮卡丘和喵喵。為了找回皮卡丘，小智和貝路卡利歐踏上了旅途，他們的終點是世界初始之樹，在那里隱藏著一切問題的答案。