在遙遠的神話時代，冥王哈迪斯曾率領108冥斗士向人類世界發起攻擊，智慧女神雅典娜則率圣斗士們奮起迎敵。連番苦戰之后，哈迪斯及其軍團戰敗，他們全部被雅典娜封印，而圣斗士也幾乎損傷殆盡。
　　數千年后，女神的封印失去效力，古塔中的冥斗士又重新蠢蠢欲動。復活后的哈迪斯及其冥斗士將魔爪伸向圣域。連番惡戰，圣域幾近毀滅。參透阿賴耶識的處女座圣斗士沙加和女神雅典娜以活體闖入冥界。青銅5人組以女神之血修復業已破損的圣衣，隨后闖入潘多拉城。
　　戰場移到黑暗的冥界，一場綿亙了數千年的正邪大戰就此展開……