故事出自連拍三集的《倩女幽魂》，徐克二維人物動作結合三維背景電腦處理，成為卡通漫畫版。電影制作歷時四年，糅合了日本動畫和中國傳統中國板畫風格。
　　寧采臣（林海峰 配音）在鬼城郭北縣遇上了一個令他一見鐘情的女鬼小倩（袁詠儀 配音），可惜小倩只想吸取寧的陽氣給姥姥（陳慧琳 配音），卻意外地救了寧一命。這時道士燕赤霞（黃沾 配音）來到，鬼怪們逃命，寧舍命救了小倩。為免小倩為難，自愿與小倩去見姥姥。當姥姥要吸寧的陽氣時，小倩改變了初衷，救了寧。寧與小倩海誓山盟，愿來世再續緣。當他們投胎時，遇到了來報復的黑山老妖，后來被跟來的燕殺死。但是以掃除一切妖魔鬼怪為目標捉鬼大師白云（黃敏民 配音）和十方（葛民輝 配音）卻要消滅所有投胎的妖怪，燕不得不與他們斗法，最后兩敗俱傷。經歷了種種磨練，寧終于得以與小倩重逢，再也不分離……