柯南和小五郎等拉著大隊(duì)，來(lái)到位于太平洋中的美麗小島“神海島”渡假。這座島嶼自古已有流傳，大概有關(guān)沉沒(méi)于海底的古代遺跡“海底宮殿”，及300年前兩名女海盜遺留下來(lái)的寶藏傳說(shuō)。小蘭和園子不懼流傳，在“海底宮殿”附近潛水時(shí)，意外遇到一大群正在尋找寶物的獵人，不料其中一人突然遭鯊魚攻擊，不幸身亡！小蘭和園子幸運(yùn)逃難，柯南見(jiàn)那位獵人死狀詭異，與灰原一起展開(kāi)調(diào)查。
　　柯南認(rèn)為獵人之死，跟寶藏傳說(shuō)有著莫大關(guān)系，他試圖解開(kāi)背后原因，“海底宮殿”的謎題一直系繞在他的腦海中。他找到了一組神秘名詞“Jolly Roger(海盜旗)”后，滿以為有所起色，獵人卻突然現(xiàn)身，并偷走了原來(lái)發(fā)現(xiàn)的寶藏！小蘭和園子落在獵人的魔掌之中，性命危在旦夕！隱藏于傳說(shuō)中的訊息是什么？“海底宮殿”有什么秘密？穿越300年時(shí)光的暗號(hào)，柯南誓要逐步解開(kāi)迷題