小學時期,游泳部的四名成員在畢業前的游泳比賽中奪冠,之后他們畢業的畢業,出國的出國,四人分道揚鑣。時過境遷,就讀巖鳶高中的七瀨遙(島崎信長 配音)和好朋友橘真琴(鈴木達央 配音)升上高二,他們與昔日的游泳部成員之一葉月渚(代永翼 配音)重逢。三人回憶起小學時光,約定到曾經的游泳館去。在廢棄的游泳館里,他們居然遇到了歸國的松岡凜(宮野真守 配音)。意料之外的是,昔日戰友凜性情大變,還對遙發起挑戰,結果遙輸給了他。 遙、真琴和渚決定成立游泳部,經過多番努力后,終于招募到了新成員龍崎憐(平川大輔 配音),他們以縣大賽冠軍為目標,進行緊張的集訓。另一方面,凜所在的鮫柄學院游泳部也在為大賽作準備。他們約定,要在賽場上決一高下。充滿激情和活力的游泳部,在這個夏天,開始了關于友情與青春的Free!故事。