在電影開始開篇，場景好像被設置在一片大森林中。在森林內, 一聲強力的呼救被一個叫Yukinari的男孩聽到了。Yukinari是一個在殘酷社會中比較天真的男孩，但這次經歷對他來說是可能使他終身受益。
　　當他進入森林的時候,他遇見一個叫Mika的少女。Mika大概是森林的監護人, 而且與 Celebi（雪拉比）很要好。一些伐木工人給這里帶來了麻煩，Yukinari將幫助Mika擺脫這些伐木者。這時Mika向Yukinari解釋了森林現在存在的危險，以及他們必須在有限的時間內尋找她所需要的某個答案。突然，雪比拉出現了，將他們帶入了40年后的時代。
　　在那里，他們遇見了我們的英雄（主角）Ash，Misty和Brock。而且，好像Ash和Yukinari還有某種血緣關系。與此同時，火箭隊的成員之一Bisashu也在積極的尋找著雪比拉。這個男人帶著一個金屬頭盔站在黑色的懸崖一角露出一種怪異的眼神。
　　Ash and Yukinari開始主動的與Bisashu戰斗，來保護雪拉比。突然，神秘的口袋怪獸Suicune出現了。據說這只神奇的妖怪具有可怕的能力......