浮于日本一隅的和平寧靜的龍宮島——一座與日本本土隔絕的孤島人們長年過著和平、安靜的日子。
“你……在那里……嗎?”
有一天,一個遙遠魑魅的聲音傳來,緊接著美麗而又不祥的生命體fostom從蒼穹之間襲來。
其實早在29年前,龍宮島乃至日本就已不存在于地球的版圖之上,這一切的謎團隨著危險生物Festom的到來逐漸展開。一切的偽裝被卸下,戰火開始燃燒,這里將不再平靜……
龍宮島上的少年真壁一騎在Fafner駕駛員喪生的情況下,無奈的踏上了駕駛巨人Fafner保護這塊樂園的旅途。
是堅決保護最后的樂園?還是懦弱的逃避現實?
一騎緊握好友總士的手,開始了不知終點的戰斗之路……