故事以18世紀的歐洲為舞臺，在當時的意大利某小鎮上，有著日本血統的孤兒天馬和喜愛繪畫的亞倫是一對摯友。某日亞倫受到大圣堂的神父 ( 睡神修普諾思) 的指引，去到一處被稱為“地面上的極樂凈土”的地方尋找“真實之紅”。在那里亞倫遇到了一個叫“潘多拉”的神秘少女，自此亞倫的身體開始發生了變化。
　　另一方面，受到天秤座的黃金圣斗士童虎的引薦，天馬決定前往希臘圣域接受圣斗士的訓練。在圣域，天馬遇到了兒時的玩伴，同時也是亞倫的妹妹薩莎。幾年前被人收養的薩莎，原來竟然是女神雅典娜的轉世。
　　2年之后，天馬終于成為天馬星座的圣斗士。另一方面，受到潘多拉引導的亞倫，體內的冥王哈迪斯的靈魂覺醒，并向圣域發動全面進攻……