本片改編自TYPE-MOON出品的文字冒險類游戲《Fate/stay night》，是該游戲最終路線“HF線”動畫劇場版全三部作品中的第二章。通過女主角間桐櫻的視角，講述了御主和英靈為了得到可以實現一切愿望的圣杯而相互廝殺的一場戰爭。
　　時隔10年在冬木市爆發的這場“圣杯戰爭”中，因被稱為“圣杯戰爭”御三家之一的間桐家的當家·間桐臟硯的參戰而變得更畸形、扭曲和惡化。作為御主參戰的衛宮士郎也在戰斗中負傷還失去了英靈Saber，盡管如此士郎為了守護間桐櫻，并沒有從戰斗中引身退出。而擔心士郎身體的櫻，自己也無法逃離魔法師的宿命……