康熙12年11月，吳三桂聯(lián)合耿精忠、尚之信發(fā)動了三藩之亂。占領了江南大部，20歲的康熙皇帝，派兵三路應敵，局勢相當緊張，而此刻，黃河大水泛濫。
　　安徽巡撫靳輔受命加收救災捐稅，在籌款過程中，歙縣知縣唐敏，為了討好上司，不顧百姓死活，催逼勒索，交的節(jié)流最多，靳輔對此并不知情，當眾表揚了他。唐敏得到巡撫賞識更有恃無恐。而上交款子最少的知縣于成龍卻不買賬，不僅頂撞了靳輔，還挪喻靳輔是個昏官。
　　靳輔知道于成龍是個清官，不與他計較，也不因人廢言。他派徽州徐知府下歙縣調(diào)查。不料唐敏心狠手辣將徐知府毒殺，靳輔又派于成龍前往調(diào)查，哪知于成龍正要查案，被淹沒的安徽災區(qū)發(fā)生了饑荒，明朝余黨所謂的朱三太子又派楊氏父女等人到災區(qū)策反，煽動饑民暴動以策應吳三桂的叛亂。
　　饑民沖進縣城，要搶動糧倉。唐敏派兵鎮(zhèn)壓，禍亂一觸即發(fā)。于成龍趕到了，發(fā)現(xiàn)其中有陰謀，他一面開倉放糧，一面抓捕了兩個朱三太子的爪牙。來調(diào)糧的索額圖親信當即扣押了于成龍，并馬上馳報索額圖，私動軍糧是死罪，索額圖回奏康熙，正為戰(zhàn)事焦急的康熙十分震怒。派人押解于成龍進京，要殺一儆百。
　　康熙念于成龍為民作想，最終赦免了于成龍，此時，黃河決堤，原河道總督畏罪自殺，康熙任命靳輔為河道總督，專職治理黃河。唐敏巴結上索額圖升任京官。
　　靳輔想先從河南入手考查災情。途中，在邯鄲呂祖祠遇見了布衣陳潢。兩人交談中，靳輔見陳潢對黃河水患的歷史了如指掌，對治理黃淮也有許多高見。便把陳潢收為幕僚。
　　一路上靳輔看到了受災百姓苦不堪言，急切地想根治黃河，連向康熙上了八道本章。
　　靳輔開始了治河工程。唐敏遇有機會便給靳輔出難題。朱三太子也親自到清河。從中作亂，給靳輔添了許多麻煩。好在有陳潢的幫助，有曾經(jīng)受過他恩澤的饑民的支持，靳輔終于堵住了決口，使何水復歸河道。
　　康熙勘察黃河，在清江河道召見了靳輔。康熙說明平三藩戰(zhàn)爭局勢好轉，要加快黃河的治理。康熙的急切心情感動了靳輔，他保證三年為期讓黃河清。索額圖當即抓住這句承諾，大做文章，向各省發(fā)了明諭。事后，陳潢對靳輔說，三年的時間太短，根本無法使黃河清。靳輔只得硬著頭皮領著大家治河，累得暈倒在大堤上。
　　第二年黃河又遇大水，黃河又有幾處決口。索額圖發(fā)動自己的親信，紛紛寫折子彈劾靳輔。明珠則力保靳輔。幸而康熙皇帝認為，不能以一次的決堤論成敗。派曹寅從江南織造調(diào)款支持河工和賑災。靳輔十分感動。
　　隨后，于成龍出任安徽按察使，主張按大禹的辦法疏濬黃淮入海口。指責靳輔的治河辦法——諸如束水沖沙、修減水壩等，都有孛古訓。康熙讓靳輔回答，靳輔和陳潢上書說明，現(xiàn)在的黃河已經(jīng)不是古時的黃河，不能拘泥于大禹成法。束水沖沙是解決懸河的最佳辦法。入海處，地濕平，挖溝不如筑堤。康熙委決不下，派人前去調(diào)查，第一次去的人是明珠的黨羽，回來支持靳輔；第二次派的人是索額圖的黨羽，回來支持于成龍。康熙無法表態(tài)。
　　正遇秋汛，靳輔為了保住新修的大堤，要利用減水壩降低洪水壓力。于成龍為了保自己一方百姓的利益，親自冒冒著生命危險帶領民工加高減水壩。結果保住了安徽境內(nèi)沒被水害，卻沖決了下游的大壩。黃水灌入運河，阻斷了漕運，妨礙了康熙對解放臺灣的備戰(zhàn)。
　　康熙震怒了。索額圖乘機攻擊靳輔，把靳輔拘捕起來。后，靳輔面陳隱情，康熙才免了靳輔的總督職務，準許他戴罪立功。
　　唐敏在撥給河道經(jīng)費的時候貪污了巨額撥款，靳輔發(fā)覺了，但他是戴罪之身，被索額圖的親信壓制。靳輔告知了明珠。明珠派人調(diào)查唐敏，唐敏故伎重演，將來人拉下了水。這時，于成龍插手此案，并察出了唐敏殺人害命的舊案，唐敏被刮了，吐出了他貪污河道的贓款。
　　靳輔非常高興，他感謝于成龍，于成龍卻認為靳輔整天接觸流水般的銀子，三年工程還沒有讓黃河清，一定也是個貪官。仍采取不合作態(tài)度。
　　靳輔在陳潢等人的幫助下，終于在黃河兩岸修整了長堤、建了縷堤、減水壩。沙子被沖走了，河也清了，漕運也通暢了。康熙微服出行，勘察河道，心中非常高興。他在堤上看見了瘦骨嶙峋的靳輔，夸獎了他。靳輔向康熙推薦了陳潢。并且說以前沒有推薦他是因為治河風險太大，官場也險惡，怕出了事連累了陳潢。康熙在慨嘆之余，授陳潢三品僉事道銜。
　　陳潢又向康熙建議開中河。因為漕運中有一段在黃河主流中行駛，遇風浪或汛期漕船就只能泊在碼頭上等待。于成龍當即反對，說這樣太耗費國力，會增加百姓負擔。靳輔和陳潢說在治河過程中涸出許多土地，可以賣給農(nóng)民，所得的銀兩可以用來開中河。于成龍又反對，說涸出的土地應歸原主。雙方各執(zhí)一詞。康熙為了南北大動脈的暢通，還是贊成了靳輔、陳潢開中河的主張。
　　明珠的劣行越來越顯露，于成龍連同朝中京官，上本揭發(fā)，明珠倒了，靳輔和陳潢都被視為明珠一黨，被罷了官。陳潢還被投進天牢，他無錢無勢，在獄中受盡折磨，而靳輔也心力交瘁病倒了。
　　于成龍代替了靳輔，按自己的一套古理治河。結果一場大水下來，黃河決口二十幾處。于成龍自己鎖著自己進京請罪，并且承認黃河要清，只有啟用靳輔、陳潢。康熙明白過來的時候，陳潢已經(jīng)死在獄中。
　　旨意下到靳輔家，靳輔領著兒子帶病上路，卻死在赴任途中。康熙得知，無限遺憾。
　　于成龍到了京師，跪在養(yǎng)心殿外請死。康熙沒有殺他，將陳潢的遺作交給了他，讓他留任河道總督，把治河的大任交給了他。
　　于成龍大刀闊斧地按陳潢的辦法治理黃河，殫精竭力、夙興夜寐。經(jīng)過幾任河督、幾代河兵、數(shù)百萬河工艱苦卓絕的奮斗，到康熙五十歲生日的那一年，康熙終于欣慰地宣告天下：海內(nèi)稱平，民生富庶，民心皆一，河工告成！黃河的大治，為康熙盛世的開創(chuàng)立下了不世之功。而靳輔、陳潢等人的治河措施和理論，是中華民族治河史上的一筆寶貴財富，有些至今仍有實用價值，一直被借鑒和沿用。