科學警備隊隊員光超一郎從宇宙空間站EGG3前往地球的途中與不明宇宙人遭遇，自稱為奧特曼的宇宙人告訴他地球上的各種怪獸與超自然現象危機迫在眉睫，但奧特曼無法以宇宙人的身姿在地球上長期生活，所以便借用光超一郎的身體與之合為一體，并可以用閃光之星來隨時變身，使人類得以應付即將到來的各種危機…作為奧特曼系列的動畫版，比起特攝片有固有的優勢。在這里，主角可以做以前奧特曼們無法完成的特技。同時在一話中可以有數個奧特曼和怪獸登場，而不用額外的開銷。而且，怪獸的設計者們不用再被這個時代怪獸的皮套需要適應人的體型這一技術條件所限制。因此，他們的創造力可以無限發揮。