革命歷228年,E.U.聯(lián)盟聯(lián)軍少校蕾拉·瑪露卡爾(坂本真綾 配音)和中尉阿基德(入野自由 配音)在巴黎期間化險為夷,將企圖綁架吉恩·史麥拉斯將軍(石冢運(yùn)升 配音)的11區(qū)日本少年成瀨幸也(松岡禎丞 配音)、佐山流(日野聰 配音)和香坂彩乃(日笠陽子 配音)招募到W Zero部隊(duì)。在另一邊的帝國內(nèi),信·修加·夏音度(松風(fēng)雅也 配音)成功篡位,被封為圣米迦勒騎士團(tuán)的團(tuán)長,即將迎來和阿基德的宿命重逢。E.U.聯(lián)盟對成瀨等人充滿不信任感,時刻密切監(jiān)視著他們。不久,聯(lián)盟決意將W Zero部隊(duì)空投至帝國的腹地華沙執(zhí)行死亡任務(wù)。蕾拉堅(jiān)持和阿基德以及新加入的三個戰(zhàn)士同往,等待他們的是圣米迦勒騎士團(tuán)的強(qiáng)敵……