在亞美斯多利斯期間,愛德華?艾爾利克(樸璐美 飾)和弟弟阿爾方斯(釘宮理恵 飾)遭遇了還有兩個月就可以刑滿釋放的越獄犯梅爾文(森川智之 飾),結果發現對方擁有不輸于艾爾利克兄弟的強大煉金術。根據梅爾文在監獄留下的蛛絲馬跡,兄弟二人前往西方的大國古雷達調查。在這里他們的火車遭到神秘黑蝙蝠的襲擊,同時也遇到了梅爾文尋找的少女茱莉亞?克萊頓(坂本真綾 飾)。一番混亂之后,他們相繼來到位于地下的貧困之鎮米洛斯。米洛斯是大國夾縫中的犧牲品,而她的人民也決定利用圣星的利用重新復興祖國與民族…… 本片根據荒川弘的漫畫原著改編。