被人類用基因技術克隆出來的最強寵物小精靈超夢(市村正親 配音)帶著對自我身份的疑惑和對人類強大的憤怒逃離了科研所,它宣布要對制造出自己的人類進行復仇。 已經得到了八個勛章的小智(松本梨香 配音),以成為寵物小精靈訓練大師為目標而不斷的旅行,他帶著皮卡丘(大谷育江 配音)和同伴小霞(飯冢雅弓 配音)小剛(上田佑司 配音)剛結束了和訓練家的對戰,接著收到了一封神秘人的邀請函,邀請他們參加世上最強的小精靈訓練家的宴會。地點是新島寵物小精靈城,這是最強訓練家的邀請。他們很痛快的答應了,小智一行人穿過了狂風暴雨的海岸終于到達了新島。一位叫喬伊的醫生帶領他們來到了寵物小精靈城,介紹最強的寵物小精靈訓練家出場。沒想到出現在大家面前的竟然是超夢。超夢的報復究竟是什么呢,一場大戰即將開始......